При хранении сидра могут наблюдаться изменения внешнего вида, а также органолептических и физико-химических свойств. Причины отклонений от исходного качества могут иметь различную природу и их можно классифицировать на биохимические, физико-химические и микробиологические.
Суть биохимических процессов, способных привести к ухудшению качества напитка, сводится к деятельности окислительных ферментов (оксидаз). В виноделии такой порок известен как «оксидазный касс». Упомянутые ферменты могут перейти в сидр из исходного сырья. Значительное количество окислительных ферментов, как известно, содержится во фруктах низкого качества, пораженных гнилостными бактериями.
Среди окислительных ферментов особое значение имеют фенолоксидазы, действующие на фенольные соединения в присутствии кислорода. Последний может попасть в сидр при контакте с воздухом в ходе постферментационной обработки или розлива. В результате окисления фенолов может наблюдаться появление мути, осадка, изменение окраски (побурение), образование на поверхности радужной пленки. Окислительные реакции могут стать причиной потери фруктового аромата, появлению неприятных окисленно-уваренных тонов.
Физико-химические процессы также могут привести к появлению мути, взвесей, хлопьев, выпадению осадка. Объясняются такие изменения нарушением коллоидной системы напитка, когда высокомолекулярные соединения, находящиеся в растворенном состоянии, образуют более крупные агломераты, видимые невооруженным глазом. Агломераты могут появиться в ходе полимеризации полисахаридов, фенольных или белковых соединений, в том числе в результате их комплексообразования при взаимодействии друг с другом. Нарушению коллоидной стабильности сидра могут способствовать охлаждение, воздействие кислорода, наличие ионов металлов, таких как железо или медь, выступающих в качестве катализаторов химических реакций.
Наиболее частой причиной различных дефектов и порчи напитков, включая сидр, являются микробиологические процессы. В зависимости от вида микроорганизмов, осуществляющих свою жизнедеятельность при наличии благоприятных факторов, последствия могут быть разными. Это и появление видимых помутнений, хлопьев, осадка, пленок, и ухудшение органолептических свойств продукта с возникновением посторонних привкусов и запахов. При развитии некоторых видов бактерий может увеличиваться вязкость напитка, происходить его ослизнение. Развитие дрожжей может привести не только к появлению характерного дрожжевого запаха и мути, но и к увеличению давления в упаковке. В результате наблюдается повышенное пенообразование при открытии и наливе напитка (гашинг-эффект). Иногда избыточное давление становится настолько высоким, что приводит к разрыву стеклянных бутылок при хранении. Последнее категорически недопустимо, так как может вызвать травмы и существенно испортить репутацию производителя. Микробиологические процессы могут привести к существенному изменению химического состава сидра и накоплению различных продуктов жизнедеятельности микроорганизмов в таком количестве, что напиток становится непригодным к употреблению.