После проведения брожения и дображивания сидра его либо сразу отправляют на окончательную обработку и розлив, либо могут предварительно подвергать хранению.

После первой переливки (снятия с дрожжевого осадка) сидр лучше всего хранить без доступа кислорода воздуха во избежание окисления. С этой же целью можно применять сульфитацию. Емкости при этом, как правило, наполняют сброженным суслом до верху.

В зависимости от продолжительности хранения, может быть произведена еще одна или несколько переливок, преследующих собой цель отделить сидр от образующегося осадка.

Переливки могут быть открытые (с доступом кислорода воздуха) и закрытые (без соприкосновения с воздухом). Открытые переливки сопровождаются проветриванием, в результате чего может ухудшиться вкус и аромат сидра вследствие улетучивания ароматических веществ. Иногда проветривание необходимо, например, для удаления из сидра посторонних тонов.

Хранение сидра может занимать по времени от нескольких недель до нескольких месяцев.

При хранении также осуществляют регулярные доливки, так как в случае использования негерметичных емкостей происходит уменьшение объема сидра в результате испарения. Образующаяся воздушная подушка над поверхностью сидра может привести к избыточному его окислению и развитию нежелательных микроорганизмов.

Рекомендуемая температура хранения сухих сидровых материалов — не выше 10-12°С, для сидров с остаточным содержанием сахаров — 0±2°С.